SMP PGRI 5 Bogor berdiri pada tahun 1978 atas dasar pemikiran guru-guru SMP Negeri 3 Bogor untuk menampung lulusan SD yang tidak diterima di SMP Negeri manapun. Saat itu seluruh staf pengajarnya 100 % adalah guru-guru dari SMP Negeri 3 Bogor dengan jumlah siswa 92 orang yang terbagi dalam 2 rombel (rombongan  belajar).

Awalnya SMP PGRI 5 Bogor merupakan kelas jauh dari SMP PGRI 1 Bogor dengan nama SMP PGRI 1/3 Bogor. Tahun 1980, SMP PGRI 5 Bogor mendapat pengakuan dari Yayasan Pendidikan PGRI Daerah V Jawa Barat nomor. 012/YP/PGRI/1980 menjadi sekolah PGRI Mandiri dengan Nomor Data Sekolah (NDS) 2002220010 dan NSS 202026105028.
Tahun 1987 SMP PGRI 5 Bogor mendapat status “DIAKUI” berdasarkan hasil Akreditasi dari Dirjen Pendasmen.Tahun 1991 Status meningkat menjadi “DISAMAKAN” berdasarkan PiagamPengesahan Dirjen Pendamen No. 743/I02/Kep/i/1991. Tahun 1997 berdasarkan hasil Akreditasi ulang, dengan status yang masih “DISAMAKAN” SMP PGRI 5 Bogor meraih Duaja sebagai sekolah Berprestasi Tertinggi Perskolahan PGRI tingkat Jawa Barat  hingga 4 kali berturut-turut sampai sekarang.

Hasil Akreditasi hingga saat ini SMP PGRI 5 Bogor berstatus Terakreditasi “A” dengan nilai 95 dan dibuktikan oleh Piagam Pengesahan No. 02.00 / 442 / BAP-SM / X / 2009.

Sejak tahun 1989 SMP PGRI 5 Bogor telah memiliki gedung sendiri dengan sarana dan prasarana yang lengkap disesuaikan dengan perkembangan dan kemajuan zaman guna melayani seluruh peserta didik. Jumlah peserta didik SMP PGRI 5 Bogor tidak kurang dari 700 orang dengan 16 rombel  ini terdiri dari kelas VII = 6 rombel; kelas VIII = 5 rombel ; dan kelas IX = 5 rombel. Seluruh peserta didik melaksanakan pembelajaran di pagi hari  mulai hari Senin – Jumat, sedangkan hari Sabtu diisi dengan kegiatan ekstrakurikuler yang ditujukan untuk pembinaan pendidikan berkarakter serta membangun jiwa kompetitif yang sportif serta berakhlak mulia.